Në kuadër të Kolegjit funksionojnë këto Departamente:
- Departamenti i Shkencave Themelore,
- Departamenti i Shkencave Klinike
Në përbërjen e vet Fakulteti i Shkencave Mjekësore Teknike i ka këto departamente:
- Departamentin e Infermierisë;
- Departamentin e Fizioterapisë
- Departamentin e Radiologjisë Diagnostike
- Departamentin e Biokimisë Laboratorike
- Departamenti i Mamisë
- Departamenti i Shëndetit Publik dhe Mjedisor
- Departamenti i Menaxhmentit Shëndetësor
Në përbërjen e vet Fakulteti i Stomatologjisë i ka këto departamente:
- Departamentin e lëndëve Stomatologjike;
- Departamentin për Asistent Dentar dhe Higjienist Dentar
Në përbërjen e vet Fakulteti i Farmacisë e ka departamentin:
- Departamentin e lëndëve Farmaceutike.
