Kolegji ka një deklaratë misioni të definuar në Statutin e Kolegjit, neni 4, që përfshinë tre shtyllat kryesore: mësimdhënien, hulumtimin dhe shërbimet në komunitet.
Kjo deklaratë e Misionit të Kolegjit është rishikuar gjatë vitit 2021, dhe pas procesit konsultativ me të gjitha palët e interesit, është plotësuar dhe ndryshuar në versionin aktual, të paraqitur në vijim:
Misioni i Kolegjit konsiston në:
- zhvillimin dhe zbatimin e koncepteve të reja të arsimimit mjekësor të shekullit XXI në Kosovë;
- ofrimin, promovimin dhe zhvillimin e programeve studimore kualitative, të të tria cikleve të studimit, sipas standardeve ndërkombëtare, në përputhje me nevojat e shoqërisë;
- angazhimin për zhvillimin dhe zbatimin e një sistemi formal dhe të integruar të menaxhimit të Sigurimit të Cilësisë në të gjitha proceset e Kolegjit;
- realizimin dhe nxitjen e kërkimit shkencor në fushat e mjeksësisë, përmes ngritjes së kapaciteteve të përgjithshme për punë kërkimore-shkencore në arsimin e lartë;
- krijimin e infrastrukturës institucionale dhe ngritjen e kapaciteteve intelektuale për punë akademike dhe kërkimore-shkencore;
- pasurimin e sistemit shëndetësorë në komunitet me shërbimet cilësore, e posaçërisht të shërbimeve mjekësore deficitare në Kosovë për periudhën aktuale;
- Ofrimin e shërbimeve në komunitet, nëpërmjet promovimit të shëndetit dhe edukimit shëndetësor të popullatës në përgjithësi.